Le Partenariat Casa África est gouverné par les organismes gouvernementaux espagnols suivants : Conseil exécutif, Commission déléguée et Direction générale.
Il comprend également un autre organe unipersonnel (le/la Secrétaire général(e)), deux organes consultatifs : un Conseil consultatif et un Conseil diplomatique ainsi qu'un organe spécialisé : la Commission de gestion patrimoniale.
Le Conseil exécutif est un organe de direction arbitral et il tient le rôle d'autorité supérieure au sein du Partenariat. La présidence est confiée tour à tour au Ministre espagnol des Affaires étrangères et de la Coopération, et au Président du gouvernement des Canaries, à chaque fois pour une période de deux ans.
Le Conseil exécutif est composé de cinq représentants du Ministère espagnol des Affaires étrangères et de la Coopération, de trois représentants du gouvernement des Canaries et d'un représentant de la mairie de Las Palmas de Gran Canaria. Voici la liste actuelle de ses membres :

À désigner
Ministre espagnol des Affaires étrangères, UE et de la Coopération

M. Ildefonso Castro López
Secrétaire d'État espagnol aux Affaires étrangères

M. Fernando García Casas
Secrétaire d'État espagnol à la Coopération internationale et pour l'Ibéro-Amérique et les Caraïbes

M. Raimundo Robredo Rubio
Directeur général pour l'Afrique

M. Amador Sánchez Rico
Directeur général de la Communication et de l'Information diplomatique

Président du gouvernement des Canaries

Vice-President of the Government of the Canary Islands

Conseiller de l'Économie, du Savoir et d’Emploi du gouvernement des Canaries

M. Augusto Hidalgo Macario
Maire de Las Palmas de Gran Canaria
Remarques. De par sa fonction, la Secrétaire générale de Casa África est également secrétaire du Conseil exécutif ainsi que des autres organes du Partenariat.
La Commission déléguée du Conseil exécutif est composée de deux des représentants du Ministère espagnol des Affaires étrangères et de la Coopération, deux des représentants du gouvernement des Canaries, un représentant désigné par la mairie de Las Palmas de Gran Canaria et du Directeur général, chargé de coordonner les réunions.

M. José Segura Clavell, Directeur général de Casa África
Le Directeur général du Partenariat est un organe exécutif unipersonnel. Il est nommé par le Conseil exécutif après consensus de ses membres et sur proposition du Ministère espagnol des Affaires étrangères et de la Coopération. Ce dernier le choisit parmi les personnes reconnues dans le milieu des relations internationales, et en particulier des affaires africaines.

Francisco Javier Hurtado Rodríguez, Secrétaire générale de Casa África
Le/la Secrétaire général(e) du Partenariat est un organe de direction unipersonnel. Il est nommé par le Conseil exécutif après consensus de ses membres et sur proposition du gouvernement des Canaries. Ce dernier le choisit parmi les personnes reconnues dans le milieu des relations internationales, et en particulier des affaires africaines.
Le Conseil diplomatique est un organe consultatif du Partenariat composé des ambassadeurs africains accrédités en Espagne. L'action du Conseil diplomatique est exécutée à travers une commission permanente composée de trois à cinq membres et présidée par le doyen des ambassadeurs africains.
Le Conseil consultatif est composé de personnalités reconnues dans les milieux culturels, économiques et des affaires avec l'Afrique ainsi que de représentants d'institutions et entités économiques et entrepreneuriales. Ses membres sont choisis par le Conseil exécutif sur proposition des entités partenaires.
La Commission de gestion patrimoniale est un organe de gestion spécialisé du Partenariat, chargé de la restauration, de la conservation et de l'entretien des locaux de Casa África selon les normes en vigueur.
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