O Conselho de Administração atua como órgão colegial de gestão e detém a mais elevada autoridade dentro do Consórcio. A presidência é de carácter rotativo entre o Ministro dos Negócios Estrangeiros e de Cooperação e o Presidente do Governo das Canárias, e tem uma duração de dois anos.

O Conselho de Administração é composto por cinco representantes do Ministério dos Negócios Estrangeiros e de Cooperação, três representantes do Governo das Canárias e um representante da Câmara Municipal de Las Palmas de Gran Canaria. Os seus membros atuais são:

Nota. A Secretária-Geral da Casa África atua como secretária do Conselho de Administração e demais órgãos do Consórcio, conforme previsto nos seus Estatutos. 

A Comissão Delegada do Conselho de Administração é constituída por dois dos representantes do Ministério dos Negócios Estrangeiros e de Cooperação, dois dos representantes do Governo das Canárias, o representante designado pela Câmara Municipal de Las Palmas de Gran Canaria e pelo Diretor-Geral, que coordena as reuniões.  

O Conselho Diplomático é um órgão de carácter consultivo do Consórcio, composto pelos Embaixadores africanos acreditados em Espanha. Este Conselho atua através de uma Comissão permanente, composta por um mínimo de três e um máximo de cinco membros, e é presidido pelo Decano dos Embaixadores africanos.  

O Conselho Consultivo é um órgão de carácter consultivo, composto por personalidades de reconhecido prestígio no âmbito das relações culturais, económicas e empresariais com África, bem como, conforme o caso, por representantes de instituições e entidades económicas e empresariais. Os seus membros são designados pelo Conselho de Administração sob proposta das entidades associadas.  

A Comissão de Gestão Patrimonial é um órgão especializado de gestão do Consórcio, que assume as funções em matéria de reabilitação, conservação e manutenção da sede da Casa África, de acordo com a legislação vigente.